La destination implicite du premier voyage de Bacot dans les confins orientaux du Tibet (Khams) était la capitale interdite de Lhassa. De retour de son voyage autour du monde, Jacques Bacot devient membre de la Société de géographie le 6 avril 1906. Il assimile rapidement les bases de la cartographie et se documente sur l’histoire de l’exploration du Tibet. Simultanément, il suit une rapide formation en anthropométrie auprès de la Société d’anthropologie de Paris fondée par Paul Broca en 1859. Le voyage relève donc d’une ambition scientifique, bien qu’à l’instar des autres voyages de Jacques Bacot il ait été auto-financé. Ce voyage lui vaudra néanmoins en 1909 le Prix Francis Garnier décerné par la Société de géographie.

En compagnie d’un certain Bonnard, un domestique semble-t-il, Bacot rejoint Yunnansen (Kunming) en chaise à porteurs depuis Hanoi. En mars 1907, il est à Ta-li-fou (Dali). Jusqu’à Ouisi (Weixi), il est reçu par les diplomates français et anglais, par les fonctionnaires et industriels coloniaux et par les missionnaires établis dans la région. Son intérêt se porte en particulier sur les populations multiples de ces régions aux confins de la Chine, en particulier sur les Naxi. De là, il rejoint les régions tibétophones du Yunnan où il n’a été précédé que de quelques explorateurs et missionnaires. En mai, il est à Tsekou (Cigu), dans la région de Dechen (Bde chen), et fait la connaissance d’Adrup Gönpo (189? – 14 février 1911), un lettré tibétain issu d’une famille de propriétaires terriens de Patong (Spa btang). Ancien lama bönpo converti au catholicisme, Adrup a dû laisser à son frère cadet la responsabilité du domaine familial. Le voyageur et ses accompagnants chinois, tibétains, nuosu, naxi et lisu, remontent le cours du Mékong jusqu’à Yerkalo (Tsha kha lho), puis se rendent à Batang (’Ba’ thang), ville tibétaine du Sichuan méridional.

S’il ne pose le pied sur le « territoire de Lhassa » que furtivement, Bacot saisit néanmoins l’occasion pour suivre une partie du pèlerinage du Khawakarpo, dans le sens des pèlerins bönpo. Il apprend en chemin l’existence, au Sud-Ouest, d’un territoire inexploré, le Poyul, sur la route de Lhassa. Ayant attisé la méfiance des autorités chinoises, il est forcé de renoncer. Il remet son projet à un second voyage imminent et rentre en France accompagné d’Adrup Gönpo. Les deux voyageurs débarquent à Marseille en janvier 1908.