L’EFEO s’implante de façon permanente à Kyōto en y créant un centre de recherche et de publication installé dans le temple Rinkō-in du monastère zen Shōkoku-ji. Outre la poursuite de l'édition du Hōbōgirin, A. Seidel qui dirige le centre de 1969 à 1991, assure en 1985 le lancement d'une nouvelle revue, les Cahiers d'Extrême-Asie.
Si l’intérêt pour l’étude du fait religieux en Asie orientale s’est maintenu, depuis le début du XXIe siècle, les chercheurs présents à Kyōto ont mené des travaux sur d’autres aspects de la civilisation japonaise : histoire intellectuelle, littérature comparée, architecture et urbanisme, histoire sociale.