L’EFEO s'installe à Pondichéry dans un immeuble acquis en son nom, tout en poursuivant ses collaborations avec l’Institut français de Pondichéry créé en 1955.
Le Centre abrite une bibliothèque indologique (plus de 9 000 titres), une collection de plans et de dessins, ainsi qu’un fonds de manuscrits sur ôles de textes en sanskrit, en tamoul et en manipravalam. En 2005, les Manuscrits shivaïtes de Pondichéry (plus de 10 000 documents), conservés à l’EFEO et à l’IFP, ont été inscrits au registre « Mémoire du Monde » de l’UNESCO.