En marge de son appui auprès des institutions cambodgiennes, l’École ouvre son propre centre d’études à Siem Reap, à proximité des temples d’Angkor et à Phnom Penh dans un immeuble acquis par l’Académie des Inscriptions et Belles Lettres. Les principales missions du centre de Phnom Penh  sont la conservation et la restauration des sculptures, la formation du personnel, la documentation, la recherche sur les collections et le soutien à l’organisation d’expositions. L’atelier collabore aussi à d’autres projets de conservation-restauration dans la région (Vietnam et Laos).