À la rétrocession de la province de Siem Reap par le Siam au Cambodge, l'EFEO est chargée de l'étude et la préservation du site d'Angkor. Elle crée alors la Conservation des monuments d'Angkor qu'elle dirigera jusqu'à la prise de pouvoir par les Khmers rouges en 1975. L’EFEO occupe encore aujourd’hui une place singulière au sein de la campagne internationale pour la sauvegarde d'Angkor.